「旗章学（英:vexillology）」と言う言葉は日本では未だ聞き慣れないものですが、国旗その他各種旗章や国章など関連する物を科学的に調査研究する比較的新しい研究領域です。この言葉は1957年に米国のフラッグ・リサーチ・センター所長であるホイットニー・スミス（Whitney Smith）博士により作られました。その後、北米、欧州、アジア、アフリカと同様の旗章学研究団体が設立され、現在世界に50あまりの研究団体が存在し活動しています。また、世界各地の研究団体が加盟して旗章学協会国際連盟（FIAV, the International Federation of Vexillological Associations）が1967年に設立され、２年おきに場所を変えて国際旗章学会議を開催、研究発表、情報交換と懇親会が行われています。

　日本旗章学協会（JAVA, Japanese Vexillological Association）は、旗一般に興味関心がある人の団体です。「旗のデザインが好き」「旗の歴史が好き」「旗を作るのが好き」まで、とにかく「旗が好き」な人たちが集まった、日本唯一の「旗」愛好団体です。政治、思想信条や宗教的立場を超えて、ただただ「旗そのもの」に愛情を注いで、日々ありとあらゆる旗の研究に明け暮れています。

　国旗をはじめ各種旗章を知り、正しく取り扱うことは世界の国々と国際情勢を正しく理解するのに役立ち大変意義のある研究領域であると思います。しかしながら、これだけ世界と交流を持つ日本には旗章をきちんと調査研究する機関団体がありませんでした。そこで私たち旗章に興味を持っている有志が集まって1999年12月５日設立準備会議を開き、2000年１月１日を期して「日本旗章学協会」が発足しました。2001年７月英国ヨーク市で開催された第19回国際旗章学会議に日本を代表して参加し、満場一致で旗章学協会国際連盟の正式会員として承認されました。以降、世界中の愛好家たちとも交流を進めています。

　原則として毎月１回、土曜ないし日曜の午後、東京瓦会館（千代田区）などで月例会を開催しております。この他、年初の年次総会や、適宜企画される野外活動（フィールドワーク）等があります。

　2009年、日本初・アジア初の第23回国際旗章学会議（ICV23)を開催、成功裏に終わりました。

　日本旗章学協会の旗とロゴは、JAVAが発足した2000年2月に採択されました。旗は、旗章学協会国際連盟のシンボルである旗揚げ綱の上に日の丸を描いたもので、Phil Nelson氏による考案です。ロゴは、日の丸と旗揚げ綱を印章の形にアレンジしたもので、Petr Exner氏による考案です。